اهداف میکروب شناسی تشخیصی دارای دو بخش عمده است. بخش اول مربوط به تشخیص عامل ایجاد کننده بیماریهای عفونی بوده و از طریق مجزا نمودن و شناسائی عوامل عفونت و نشان دادن واکنشهای ایمنی بدن (تولید آنتی بادی – تغییر حساسیت جلدی) در بیماران صورت می‌گیرد. بخش دوم مربوط به کمک در امر انتخاب منطقی داروهای ضد میکروبی جهت درمان بیماران می‌باشد و بر اساس آزمایشات آزمایشگاهی انجام می‌گیرد.در زمینه بیماریهای عفونی نتایج آزمونهای آزمایشگاهی بنحو بارزی بستگی به خصوصیات و شرایط نمونه مورد آزمایش، زمان نمونه برداری و درجه کارآمد بودن و تجربه کارکنان آزمایشگاه دارد.هر پزشکی که با بیماری‌های عفونی سر و کار دارد باید بداند چه هنگام و چگونه باید از بیمار  نمونه برداری نموده، چه آزمایشاتی را درخواست کرده و نتایج حاصله را چگونه تفسیر نماید.

ارتباط بین پزشک و آزمایشگاه

از آنجائیکه هیچ روشی که به تنهایی بتواند تمامی میکروارگانیسم‌های پاتوژن را از غیر پاتوژن شناسائی کند وجود ندارد، به همین جهت قبل از اینکه کارکنان آزمایشگاه بتوانند تکنیک‌های لازم را جهت مجزا نمودن میکروارگانیسم خاص به کار گیرند، پزشک باید اطلاعاتی در مورد تشخیص احتمالی، نوع عامل یا عوامل پاتوژن مشکوک را به آزمایشگاه بدهد.روشهای آزمایشگاهی میکروبشناسی کند بوده و محتاج به طی نمودن مراحل پی در پی قبل از نیل به نتیجه می‌باشد.با این وصف جایز نیست که درمان بیماران تا آماده شدن نتیجه به تعویق افتد. با در نظر گرفتن شرایط فوق، بسیار اهمیت دارد که پزشک معالج نمونه‌های لازم را تهیه نموده و همراه با آن اطلاعات مربوط به تشخیص احتمالی را به آزمایشگاه ارسال نموده و سپس درمان مناسبی که به نظر می‌رسد بر روی عامل بیماری مؤثر باشد را آغاز نماید.

خصوصیات نمونه‌های مورد آزمایش

نتیجه بسیاری از تستهای تشخیصی در بیماری‌های عفونی به نمونه مورد آزمایش، زمان انتخاب شده جهت نمونه برداری و روش نمونه برداری بستگی دارد.محافظت از نمونه  و ارسال آن باید به نحوی باشد که در طی این عملیات عامل بیماری از بین نرود. جدا نمودن یک عامل عفونی از نقاط استریل بدن از ارزش تشخیصی زیادی برخوردار می‌باشد. هر نوع میکروارگانیسمی که از خون، مایع نخاع، مایع مفصلی یا مایعی که از حفره جنب بدست آمده، مجزا گردد، یک یافته پرارزش تشخیصی قلمداد می‌شود.اصول کلی که در مورد تمام نمونه‌های بالینی صادق بوده و باید در هنگام اخذ نمونه به آنها توجه نمود به قرار زیر است:

1. نمونه از لحاظ مقدار بایستی کافی بوده تا بتوان کلیه آزمایشات لازم را بر روی آنها انجام داد.
2. نمونه بایستی از خصوصیت «معروف بودن» (Representative) برخوردار باشد (مثلاً اگر خلط بخواهد مورد آزمایش قرار گیرد، آب دهان به جای آن گرفته نشود).
3. باید توجه نمود که نمونه به نحوی گرفته شود که آلوده نگردد و جهت نمونه برداری بایستی از وسایل استریل استفاده نموده و شرایط آسپتیک رعایت شود.
4. نمونه تهیه شده بایستی سریعاً به آزمایشگاه ارسال شود.
5. نمونه‌های ارزشمندی بایستی قبل از آغاز درمان ضد میکروبی گرفته شوند و اگر بیمار قبلاً تحت درمان بوده باید در صورت امکان درمان را متوقف نموده و نمونه برداری چند روز پس از توقف درمان صورت گیرد.
   

جمع آوری نمونه

جمع آوری مناسب یک نمونه جهت کشت بی‌شک مهمترین مرحله در اثبات وجود یک پروسة عفونی توسط یک میکروارگانیسم خاص می‌باشد. چنانچه درمان بر ضد ارگانیسم کومنسال یا آلوده کننده باشد، جمع آوری نامناسب نمونه نه تنها باعث عدم جداسازی میکروارگانیسم مربوطه می‌شود بلکه منجر به درمان نادرست و حتی مضر می‌شود.

در جمع آوری نمونه‌ها بایستی موارد زیر را در نظر داشت:

1. نمونه باید ناحیه اصلی عفونت جمع آوری شده و حداقل آلودگی با ترشحات یا ارگانها یا بافتهای مجاور داشته باشد.
2. زمان مناسب جهت جمع آوری نمونه بایستی مشخص گردد تا بدین ترتیب شانس جداسازی میکروارگانیسم‌ها به حداکثر رسد. مثلاً در تب تیفوئیدی میکروارگانیسم عامل عفونت را می‌توان در طی هفته اول بیماری از خون جدا نمود. کشت مدفوع و یا ادرار معمولاً در طی هفته دوم و سوم بیماری مثبت خواهد شد. آگلوتینین‌های سرمی در طی هفتة دوم شروع به افزایش کرده و در طی هفته پنجم به ماکزیمم مقدار خود می‌رسد.
3. مقدار کافی از نمونه مورد نظر به منظور انجام تکنیک‌های کشت باید گرفته شود و دستورالعمل‌های لازم درمورد حجم مناسب نمونه مورد نظر جهت کشت باید تنظیم گردد. نمونه‌های ناکافی بایستی نگهداری شوند. چنانچه تهیه نمونه‌ای مجدد میسر نبود، و از نظر کلینیکی نیز کشت نمونه اندیکاسیون داشت بایستی روی نمونة اولیة ناکافی کارهای لازم انجام گیرد، با این وجود آزمایشگاه هنگام گزارش نتیجه باید شرایط نمونه دریافتی را برای پزشک گزارش نماید.
4. به منظور اطمینان از جداسازی مطلوب میکروارگانیسم باید از لوازم نمونه گیری، ظروف و محیط‌های کشت مناسب استفاده نمود. ظروف نمونه گیری بایستی دارای درپوش محکم و مناسبی باشد که از نشت و آلودگی نمونه هنگام انتقال جلوگیری شود. سواب‌های پنبه ای ممکن است حاوی بقایای اسیدهای چرب باشد و سواب آلژینات کلسیم نیز ممکن است باعث نشر محصولات سمی شده و در نتیجه موجب ممانعت از رشد برخی از باکتریهای مشکل پسند گردد، لذا استفاده از سواب هائی از جنس داکرون یا پلی استر توصیه می‌شود. سواب‌های حاوی نمونه را باید در یک محیط انتقال دهنده یا ظرف مرطوب جهت جلوگیری از خشک شدن و مرگ باکتری قرار داد.
5. حتی الامکان بایستی جمع آوری نمونه جهت کشت قبل از تجویز آنتی بیوتیک صورت گیرد.

 

انتقال نمونه

محیط‌های انتقال دهنده کری – بلیر، Amies و استوارت.

دریافت نمونه و مشاهدات اولیه

در اکثر آزمایشگاههای تشخیص طبی محل مخصوصی جهت دریافت نمونه‌های کشت طراحی شده است. به علت احتمال آلودگی پرسنل آزمایشگاه با باکتریها و ویروسهای پاتوژن انتقال و مشاهدات اولیه بایستی زیر هود انجام گردد. ضروریست پرسنل با پوشیدن روپوش مخصوص و دستکش و در برخی موارد ماسک‌های جراحی از خود در برابر این عوامل بیماریزا محافظت نمایند.

آماده سازی نمونه شامل موارد زیر می‌باشد.

• ثبت اطلاعات ضروری در دفتر آزمایشگاه یا شبکه کامپیوتری
• مشاهده و بررسی نمونه از لحاظ ویژگیهای لازم جهت پذیرش.
• در مورد برخی نمونه‌ها مشاهده میکروسکپی نمونه به صورت مستقیم یا گسترش رنگ‌آمیزی شده از آن به منظور تشخیص احتمالی.